農藥化合物的項目眾多且持續推陳出新，受限於化合物的化學結構和性質差異，目前無法使用一種方法就檢測完所有的農藥項目，但如果每種農藥都各自使用獨立的方法分析，雖然專一性高，卻會大大降低檢驗的效率。因此，理想的方式是綜合考量農藥和樣品基質特性後，將化學性質類似的農藥化合物，使用一種方法同時進行分析 (多重殘留分析)，以提升檢驗項目的涵蓋率和分析效率。
台灣當局對於農產品中殘留農藥的監控是依據衛生福利部 (衛福部) 公告方法和食品藥物管理署 (TFDA) 建議檢驗方法，除了單劑檢驗方法外，較具代表性的農藥 (多重) 殘留分析方法有下列四種：
多重殘留分析方法(五) (公告方法) MOHWP0055.05
111年8月17日衛授食字第1111901537號公告修正
適用於蔬果類、穀類、乾豆類、茶類、香辛植物及其他草本植物等食品中阿巴汀等410 項農藥多重殘留分析 (2023年1月1日起生效)，包含
陶斯松 (Chlorpyrifos)、貝芬替(Carbendazim)、
芬普尼 (Fipronil)、可尼丁(Clothianidin)、益達胺(Imidacloprid)、2,6-DIPN等經常檢出的農藥項目。此方法的優勢在於使用簡單快速的樣品前處理--QuEChERS方法，再搭配靈敏度和專一性高的液相層析串聯質譜儀 (LC/MS/MS) 和氣相層析串聯質譜儀 (GC/MS/MS)，可同時定量分析數百種農藥，也是目前熱門和主流的分析方法。
殺菌劑二硫代胺基甲酸鹽類之檢驗 (二) (公告方法) MOHWP0054.04
107年11月30日衛授食字第1071902338號公告修正
雖然前面提到多重殘留分析方法 (五) 優點眾多，但如果農藥化合物的性質並不適合，仍須另採用其他的方法檢驗，因此針對蔬果類、穀類、乾豆類、茶類、香辛植物及其他草本植物等食品中的二硫代胺基甲酸鹽類 (註1) 的農藥，必須採用完全不同的分析方法設計：樣品經由前處理後反應生成二硫化碳(CS2) 氣體，再藉由氣相層析儀 (Gas chromatograph, GC) 配合頂空進樣器 (Headspace sampler) 分析定量。由於此分析方法並無法測得單一種類的二硫代胺基甲酸鹽類農藥含量，而是將此類農藥反應生成CS2後合併計算殘留總量 (以CS2計) ，嚴格來說，是一種介於單劑和多重殘留分析之間的測試方法。
(註1) 二硫代胺基甲酸鹽類主要是殺真菌，依據衛福部農藥殘留容許量標準，二硫代胺基甲酸鹽類之容許量以CS2計，其適用於二硫代胺基甲酸鹽類農藥之殘留總量，包括：使用Ziram (益穗單劑成分之ㄧ)，免得爛 (Metiram)、鎳乃浦 (Sankel) 殘留之Imethyldithiocarbamates；使用鋅錳乃浦 (Mancozeb) 、錳乃浦 (Maneb)、甲基鋅乃浦 (Propineb) 、鐵鋅錳乃浦及Cufraneb (銅合浦單劑) 殘留之Ethylenebis(dithiocarbamate)s；使用益地安 (ETM)、得恩地 (Thiram) 及富爾邦 (Ferbam)。
多重殘留分析方法 (六) (建議檢驗方法) TFDAP0007.03
公開日期：111年11月01日
此方法的分析流程及適用樣品基質和多重殘留分析方法 (五) 非常相似，皆採用QuEChERS樣品前處理和LC/MS/MS儀器分析，但因選用的試劑和材料條件不同，相對而言，適合分析在鹼性環境中較不穩定的農藥，例如酸性農藥，以獲得較好的回收率及重複性，這類農藥包括
克美素 (Chlormequat)、歐索林酸 (Oxolinic acid)、2,4-D、氟氯比 (Fluroxypyr)、MCPA等31種農藥 (截至2023年3月1日) 。
對於從事國際貿易的業者，也須留意方法 (六) 的農藥項目，是否在不同貿易地區間有容許量的差異及法規異動消息 ：
- 燕麥進口業者須注意加拿大於2021年3月修訂了克美素於燕麥中的容許量為 40 ppm；
- 茶葉外銷的業者須注意日本於2021年12月公告修訂 MCPA 於茶葉中的容許量為0.06 ppm；
- TFDA 2022年所公布的邊境食品檢驗資料中，有多件來自中國大陸的農產作物檢出克美素不符合。
極性農藥及其代謝物多重殘留分析方法 (建議檢驗方法) TFDAP0006.01
公開日期：110年9月11日
此方法目前適合用於分析極性農藥，包括
嘉磷塞 (Glyphosate)、
固殺草 (Glufosinate)、固殺草代謝物 (MPPA, N-Acetyl-glufosinate)、益收生長素 (Ethephon)、福賽得 (Fosetyl-Al)、抑芽素 (Maleic hydrazide) 等，由於這類農藥化合物的極性較高，採用的樣品前處理方式及LC/MS/MS儀器分析條件也和前述提到的方法(五)及方法(六)差異大。
統計近年TFDA部的邊境食品檢驗資料中，不合格的產品包括：楓豆、鸚嘴豆、高粱、綠豆、燕麥 (燕麥片) 等，超標的項目皆為嘉磷塞，業者若進口穀物及乾豆類，可多加留意此項農藥風險。
延伸閱讀：
農藥殘留容許量標準及農藥殘留檢驗
各種檢驗方法常檢出農藥項目
| 多重殘留分析方法(五) |
多重殘留分析方法 (六) |
二硫代胺基甲酸鹽類 (二) |
極性農藥及其代謝物
多重殘留分析方法 |
- 陶斯松 (葉菜類、香
辛料)
- 賽安勃 (櫻桃)
- 可尼丁 (白蘿蔔、綠
豆)
- 益達胺 (香辛料)
- 氟尼胺 (草莓)
- 芬普尼 (白蘿蔔、葉
菜類、竹笙、辣椒
粉)
- 達特南 (茶葉、白蘿
蔔)
(項目眾多非逐一列舉)
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- 克美素 (辣椒粉、白
木耳)
- 勃激素A3 (波羅蜜)
- MCPA (辣椒粉)
- 2,4-D (辣椒粉)
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上表整理自食品藥物管理署公布之邊境食品不符合資訊、各地衛生局/食品藥物署公布之後市場抽驗資訊、台灣外銷茶葉不符合資訊。
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