近年來許多台灣食品業者逐漸開拓外銷市場，日本的飲食文化和台灣較為接近，因此也成為台灣食品出口的優先選擇之一，例如前一陣子在日本蔚為風潮的手搖飲料。然而，不同地區之間的食品貿易，常常會因為兩地間法規標準的差異導致產品通關受阻，提高產品外銷的成本。
有鑑於此，SGS台灣食品服務部統計了近兩年 (2019年7月至2021年7月) 輸日食品不合格的案例共67件，其違規原因大致上可歸納如下：
- 台日兩地的食品標準差異
食品規格 (衛生指標菌) 51%、食品添加物 28%、氰酸 6%、殘留農藥 4.5%
- 微生物問題 (衛生疑慮)
若運送過程食品有腐敗疑慮，無論是否有微生物限量，當地檢疫所都可能抽查驗微生物。
- 品名與實際產品輸入狀態不相符
例如: 品名呈現冷凍食品，但卻以常溫方式運送。
由上述違規案例的統計數據，可以發現台灣的輸日食品違規案件中，平均每2件就有1件是因為衛生指標菌超標，大部分都是冷凍食品及粉末清涼飲料。
冷凍食品
近兩年的輸日冷凍食品不合格共有24件，占了該時期台灣輸日食品不合格總案件數的32%，涵蓋粉圓、蔥餅、芋圓、魚丸、素食香腸、冰品等食品，除了2件是因為儲藏溫度不當外，其餘案件都是衛生指標菌超標 (生菌數、大腸桿菌群或大腸桿菌)。若業者想要更進一步地了解冷凍食品相關規格，可參閱日本厚生省訂定的「冷凍食品規格」，此規格中根據冷凍食品的製程及食用方式的不同，分別規範了生菌數、大腸桿菌群或大腸桿菌等限量，並針對冷凍食品的加工及保存基準建立相關規範，以確保冷凍食品的衛生狀態。
粉末清涼飲料
近兩年的輸日的粉末沖泡飲品 (粉末清涼飲料) 不合格共有9件，占該時期台灣輸日食品不合格案件總數的12%，違規項目皆是衛生指標菌超標，其中1件粉末杏仁飲產品還同時有氰化物超標的問題。若業者想要更進一步地了解粉末沖泡飲品的相關規格，可參閱日本厚生勞動省制訂的「粉末清涼飲料規格」，規格中針對此類產品的成分規格 (重金屬、乳酸菌、衛生指標菌等) 及製造基準等都有明確的規範。
自主衛生管理
台灣食品業者若有冷凍食品或粉末清涼飲料等產品外銷至日本市場，除了生產過程中做好自主衛生管理外，終端產品也可以先檢驗衛生指標菌，雖然台灣與日本所使用的檢驗方法可能有所差異，但衛生指標菌的檢測結果可以協助業者評估裝櫃前衛生狀態，運輸方面，選擇有信譽的貨運代理公司、船公司或航空公司負責運送，以確保運送品質，降低港後衛生指標菌超標的風險，提高產品順利通關的機率。
SGS輸日食品相關檢驗服務
- 衛生指標菌檢驗 (生菌數、大腸桿菌群、大腸桿菌)
- 食品添加物 (防腐劑、甜味劑、二氧化硫等)
- 殘留農藥
- 重金屬
- 氰化物
- 食品標示審核、配方審核
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