衛生福利部 (衛福部) 歷經多次草案修訂與預告後，於10月6日發布訂定「食品中微生物衛生標準」，整併「一般食品衛生標準」第5條有關微生物之規定，並取代現行「乳品類衛生標準」、「罐頭食品類微生物衛生標準」、「冰類微生物衛生標準」、「嬰兒食品類微生物衛生標準」、「冷凍食品類微生物衛生標準」、「包裝飲用水及盛裝飲用水微生物衛生標準」、「飲料類微生物衛生標準」、「生食用食品類衛生標準」、「生熟食混合即食食品類衛生標準」及「液蛋衛生標準」 等10種標準，以上標準也將配合本次新標準的實施日 (110年07月01日) 同步修正或廢止。
- 重新將食品區分為7大類：
- 乳及乳製品類、
- 嬰兒食品類、
- 生鮮即食食品及生熟食混和即食食品類、
- 包裝/盛裝飲用水及飲料類、
- 冷凍食品及冰類、
- 其他即食食品類、
- 液蛋類。
- 參考國際管理趨勢，將乳及乳製品類、嬰兒食品類納入採樣計畫
- 增訂部分指標性病原菌標準 (例如沙門氏菌、腸炎弧菌、金黃色葡萄球菌及單核球增多性李斯特菌等)，以取代傳統之衛生指標菌 (生菌數、大腸桿菌群)，監測的結果更具有風險代表性。
- 部分食品類別以腸桿菌科微生物檢測取代傳統的衛生指標菌 (生菌數、大腸桿菌群)
新標準中，乳品、嬰兒食品、飲料、冷凍食品及冰類的衛生指標菌監測項目由傳統的生菌數、大腸桿菌群擴大為腸桿菌科 (Enterobacteriaceae)，使得例行性衛生監測結果更具風險代表性，這也是目前歐盟、美國等先進國家國等先進國家評估做為食品工廠是否符合 GMP之衛生指標。
不同於以往微生物的限量是某一個數值或者陰性，引入採樣計畫的概念後，乳及乳製品類、嬰兒食品類的採樣標準有n和c兩個數值，微生物限量有M和m兩個欄位，所代表的意思是「
同一個產品採樣n件，檢測的結果介於M和m之間的樣品件數最多只能有c個，但不能有任何一個檢驗結果比M大。」
目前國際上歐盟、中國大陸及韓國等國家或地區所訂定的微生物標準都是引入了採樣計畫的概念，並非只取單一一個樣品來檢測微生物，雖然提高檢驗和食品業者的成本，但對於風險性較高的食品(乳品、乳製品及嬰兒食品) 和致病菌風險而言，卻能藉由提高採樣數，獲取更具統計代表性的結果以更適當地評估產品安全性。
詳細修訂內容請參閱
食藥署網站公告。
https://www.fda.gov.tw/TC/newsContent.aspx?cid=4&id=t599878
https://www.fda.gov.tw/TC/newsContent.aspx?cid=3&id=26445
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