寵物食品之衛生安全直接影響寵物健康及生命安全，因應《動保法》修正案新法，針對寵物飼料及食品納管，行政院農委會制訂「寵物食品病原微生物與有害健康物質種類及安全容許量標準」已於8/5正式實施，限制寵物食品不得含有對寵物健康有害之病原微生物（如沙門氏菌、病原性大腸桿菌等）及有害寵物健康物質（如黃麴毒素、農藥、重金屬等）種類、安全容許量等相關管理規範(參考下表)，若抽檢超標，將不得製造、販賣、輸入或輸出，並依法最高可處二十五萬罰緩，此外，相關業者也必須上網主動申報，登錄品名、製造商、輸入商、適合寵物種類和屬性等資訊，並對外公開。
SGS提醒相關業者像是三聚氰胺、黃麴毒素、重金屬等，都是寵物飼料的基本規範，業者進口或製造飼料時，應該加強自主管理。新規定上路後，市面上既有的寵物食品，可以繼續販賣，但業者實施自主管理時，若產品有違規成分，應自主下架回收，否則依照新法被檢驗到超標，仍可開罰五萬至二十五萬元。