為了更確保日本輸入食品輻射安全性，衛生署已自3月20日起，針對全日本輸入之食品加強管控，包括針對生鮮冷藏蔬果、冷凍蔬果、活生鮮冷藏水產、冷凍水產品、乳製品、嬰幼兒食品、礦泉水或飲水、海草類，八大類產品逐批查驗輻射量，並針對3月12日以後製造之日本輸入加工包裝產品，也採加強抽驗。只要輻射值超過我國標準，一律禁止輸入，食品藥物管理局亦會派員監控銷毀。
根據統計資料，截至3月23日，食品藥物管理局已送驗206件日本食品，所完成102件之結果皆符合我國規定。
依據美國所發布之輸入警訊，美國暫停受理由日本福島、茨城、櫪木、群馬4縣受輻射污染菠菜、茼蒿，以及福島縣之牛奶輸入。食品藥物管理局表示，根據資訊顯示，日本已禁止該等地區農產品採收、販售及輸出，且根據輸入我國統計資料顯示，自3月15日後，確實無污染地區蔬果、牛奶產品的輸入台灣。
食品藥物管理局將持續與日方聯繫並蒐集國際資訊，掌握事件最新發展，並及時調整管控措施。