有關近日金墩米疑似檢出殘留農藥案，衛生署食品藥物管理局已至市面抽取各種不同廠牌之食米計37件，包括3件金墩米及其他市售產品34件，經連夜檢驗殘留農藥，結果均符合衛生署所訂之標準，食用安全無虞，請消費者安心，對於金墩米發布之訊息，衛生署已經籌組專案小組啟動調查，並會與農委會共同合作，務必將此事釐清。
經媒體報導後，衛生署食品藥物管理局在第一時間即召開局內會議，並且函請彰化縣政府衛生局至金墩實業公司現場進行瞭解及監控回收食米避免流出，除此之外，該局中區管理中心隨時與彰化縣衛生局及農業局瞭解最新進度，除抽取金墩實業公司同一糧倉所碾製之包裝食米樣品2件外，亦前往市面上抽驗市售食米35件。為能在最短時間釐清真相，食品藥物管理局調派人力連夜檢驗，結果均符合規定。
針對市售食米安全把關工作，衛生署與農委會歷年來已建立分工合作機制，分別於田間、糧倉及市面，就稻穀及食米之品質、標示及衛生安全進行監測，由農業單位依糧食管理法之規定，負責稻穀農藥殘留檢驗，衛生單位依據食品衛生管理法之規定，負責食米重金屬及黴菌毒素檢驗，彼此分工合作協調聯繫良好。針對金墩實業公司在沒有確切證據之下，發布前後不一之說法，檢調單位已經啟動調查，如查有違反食品衛生管理法之事實時，衛生署將本於職責處以最為嚴重之處分，除此之外，亦將增加市售食米之檢驗件數，另與農委會合作機制加強管控食米之衛生安全品質。