有關18日媒體報導基因改造食品評估亟需法制化乙事，衛生署食品藥物管理局鄭重表示，我國參考美國、日本及歐盟等先進國家的管理經驗，並根據WHO、FAO及OECD所定之基因改造食品安全評估原則，於89年已建立我國基因改造食品安全性評估機制，並致力開發基因改造食品檢驗方法，均透過嚴格審查、檢驗及標示之管理，讓國人飲食消費「食在安心」。
針對基因改造食品之管理，衛生署已於89年11月7日訂定「基因改造食品安全評估方法」，且為因應未來可能開發上市之新型基因改造原料特性，分於97及99年依國際法典委員會(CODEX)所定之基因改造食品安全性評估指引，加以增修評估項目。評估內容包括基因改造食品的本身及製程安全，涵蓋該食品之遺傳物質、人類食用經驗及歷史、食品成分、新品種與已知品種在使用上差異的各項資料，評估項目亦特別著重於產品的特性、過敏誘發性、營養成分、抗藥性及抗生素標識基因等。衛生署並邀集分子生物、農業化學、毒理學、免疫學、營養學、醫學及食品科學等領域專家學者組成「基因改造食品諮議會」，逐一嚴格審查基因改造食品。
另有關台灣政府要求美國協助檢驗能力乙節，衛生署表示從未要求美國協助建立相關檢驗技術，自民國89年起即致力於自行開發基因改造食品檢驗方法，並自91年起每年持續參加國際性基因改造食品能力試驗，均獲優異成績，顯見衛生署之基因改造食品檢驗能力已達國際水準，與各國基因改造食品尖端實驗室並駕齊驅。
衛生署再次強調台灣僅開放基因改造黃豆及玉米2品項，每年監測250件以上黃豆及玉米相關產品，凡含有基因改造原料者，皆使用經查驗登記許可之品系，亦監測約300件以上樣品，其標示不合格率約2~10%，且逐年減少，為保障食用安全與消費者知的權益，衛生署仍持續監測。