斯德哥爾摩公約明列農藥安殺番(Endosulfan)為持久性有機污染物，行政院農業委員會(下稱農委會)已於103年起禁止使用該農藥，故刪除上該標準中農藥安殺番於各蔬果農產品及動物源產品之殘留容許量。
為因應國內雞蛋檢出農用藥劑芬普尼引起各界關注，行政院責令衛福部、農委會儘速完成雞蛋芬普尼殘留量標準訂定的法定程序，使畜牧業者能有所遵循。農委會已於104年1月20日公告自105年1月1日刪除4.95%芬普尼水懸劑之使用方法及其範圍，包含包葉菜類、芒果、小黃瓜、茄子及紅豆，並於106年9月6日公告4.95%芬普尼水懸劑為禁用農藥，自即日起禁止加工、輸入、分裝、販賣及使用，故刪除農藥芬普尼於紅豆、包葉菜類、茄子、小黃瓜及芒果之殘留容許量，並增訂芬普尼於禽蛋之殘留容許量0.01 ppm。
食品藥物管理署對於市售農產品之農藥殘留持續進行監測，如發現有違反農藥殘留容許量標準之規定者，依違反食品安全衛生管理法第15條第1項第5款規定，依同法第44條第1項第2款處新臺幣6萬元以上2億元以下罰鍰，並由地方政府衛生局聯合農業機關追查供應來源及殘留原因，依法處辦，讓民眾食的安心。