政府為維護水產品衛生安全，保障國內消費者及外銷信譽等目的，積極進行養殖水產品源頭及市場銷售端品質管控工作，包含未上市水產品抽驗檢查、魚市場衛生品質監控及衛生署於市售產品之衛生安全監控等，而行政院農業委員會漁業署自98年度起委託國立嘉義大學食品科學系及水生生物科學系，定期及不定期至全國27家高交易量魚市場(含生產地及消費地魚市場)每月最少兩次採樣，透過快速檢測，以瞭解魚市場水產品魚貨物藥物殘留及保鮮劑使用情形。
由於消費地魚市場拍賣時間都在凌晨，執行計畫之工作人員，都得犧牲睡眠，至全國27處魚市場執行採樣，建立魚市場水產品品質衛生監測採樣及檢測標準作業流程，採樣時製作魚貨採樣記錄及攜回樣品，進行快速檢測分析及紀錄，參與檢測人員必須熟悉檢測技術及儀器操作，並即時將結果回報漁業署，本計畫由3位計畫執行老師帶領助理、研究生及大學部學生共同參與，人員多達30人，並請各市場相關人員大力協助，採樣始能順利進行。
嘉大表示，該計畫執行團隊除了對魚市場水產品進行感官檢測、保鮮劑快速檢測（計有過氧化氫、二氧化硫、甲醛、硼砂及螢光劑等），也輔導魚市場執行保鮮劑自主檢測，由縣市地方主管機關協同查核魚市場執行自主檢測之成效，並且為瞭解魚市場流通魚貨中養殖水產品用藥及藥物殘留情形，進行魚市場養殖水產品高風險藥物，4種常被使用的藥物(磺胺二甲氧嘧啶、氯黴素、硝基呋喃代謝物、還原型孔雀綠)以酵素免疫檢驗檢測試劑套組(ELISA kit)進行檢測。
由於ELISA kit進行檢測結果極為快速，需比對衛生署公告液相層析串聯質譜儀分析方法之結果，以確保快速檢測的正確性。計畫團隊的快速檢測在4種藥物殘留的檢測中，除還原型孔雀綠有80％正確性外，其餘3種藥物中硝基呋喃代謝物與氯黴素有95％的正確性，磺胺二甲氧嘧啶則有100％的正確性。透過檢測結果統計分析，將檢測結果提供漁業署及各縣市地方主管機關掌握特定養殖水產品及用藥情形，以作為預防及瞭解水產品用藥情形，並於發生魚貨檢出不符規定時，可追溯到養殖戶，要求業者落實對商品的責任及做好自主管理。透過計畫之執行使相關主管單位對水產品非法使用添加物與藥物殘留等事件能夠及早採取防範，提升國內水產品的品質，保障消費者食魚更為安全。
嘉大計畫團隊並積極尋找其他之檢測試片，以降低偽陰性與偽陽性提高還原型孔雀綠檢測之正確性，也積極找尋其他高風險藥物種類之快速檢測片，如恩諾沙星與磺胺甲基噁唑，並希望透過與嘉大生化科技學系及微生物免疫學系與生物技術相關業者共同開發具高風險性危害藥物殘留物之快速檢測方法及快速檢測試片，為水產品安全品質及消費者提供更高的保障。
未來更希望政府單位能以行動檢驗車採樣檢測方式，巡迴於各地區養殖區、魚市場，達到快速檢測的目的，當有檢測出藥物殘留時，能即時採取防範措施。此外，檢測計畫除在魚市場採樣外，對於販運商及其他業者之產品推展採檢機制，以確保魚貨源之安全性，達到生產者、販運商、市場及消費者各方面都能兼顧的安全性水產品供應鏈機制。