依據食品安全衛生管理法第十五條之一規定：「中央主管機關對於可供食品使用之原料，得限制其製造、加工、調配之方式或條件、食用部位、使用量、可製成之產品型態或其他事項。前項應限制之原料品項及其限制事項，由中央主管機關公告之。」，為保障國人之健康及其食用安全，爰訂定「原料『糞腸球菌(Enterococcus faecalis)』及『屎腸球菌(Enterococcus faecium)』之使用限制」，並自中華民國一百零八年七月一日生效，全文計三點，其要點如下：
一、 本規定依食品安全衛生管理法第十五條之一第二項規定訂定之。
二、 「糞腸球菌(Enterococcus faecalis)」及「屎腸球菌(Enterococcus faecium)」未經確認其食用安全性前，不得作為食品原料使用。
三、 業者如有使用需求，則應檢具：
- 菌株(strain)之基本資料(包含學名、來源及品系鑑定等)
- 該菌株之詳細生產加工過程(包含其培養方式、條件及其安定性等)
- 品管及儲存方式
- 預計使用方式及用量
- 安全性證明(包含基因毒性、九十天餵食毒性、致畸試驗、全基因體序列、毒力相關因子檢測、抗生素抗藥性檢測)
- 不具致病性證明等其他必要性資料
並將以上資訊送至衛生福利部提出申請並確認其食用安全，經公告後始得作為食品原料使用。
此公告於 2019 年 7 月 1 日正式施行後，如經查獲食品使用之原料不符合規定者，得依食品安全衛生管理法第 48 條規定處新臺幣 3 萬元以上 300 萬元以下罰鍰。