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真菌毒素是真菌感染植物體時所分泌的一種低分子量的二次代謝物，可以影響植物細胞的特定生理機能，造成植物病害加劇。台灣環境潮濕多雨，穀物類的作物及食品如果保存不當容易滋生黴菌並產生真菌毒素，如：黃麴毒素、赭麴毒素A、伏馬毒素等。這些毒素大多已被證實會危害人體及動物的健康，如何管控好各類風險食品中真菌毒素的風險，是食品業者共同的課題。
植物體面對外來病菌、昆蟲或食草植物的侵害，會分泌一種次級代謝物--「生物鹼」，是一種胺基酸衍生而來的含氮鹼的低分子量化合物，這類物質通常具備生理活性，常被用來開發成為藥物、興奮劑或毒藥，除了台灣汙染物與毒素類法規中有限值規範的配醣生物鹼/茄鹼外，吡咯利啶生物鹼 pyrrolizidine alkaloids (PA)及莨菪烷類生物鹼tropane alkaloids (TA) 也分布相當廣泛。
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