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衛福部2021年7月開始實施的「食品中微生物衛生標準」中，除了採用腸桿菌科限量取代過往的衛生指標菌 (生菌數、大腸桿菌群)，也大幅採用指標性病原菌限量以管理食品風險，例如沙門氏菌、單核球增多性李斯特菌等，另就乳及乳製品類、嬰兒食品引入「採樣計畫」概念，使檢驗結果更具有代表性。
阪崎腸桿菌是嬰兒配方食品中的重點檢驗項目，此菌對於嬰兒的威脅較大，也是被確定為引起嬰幼兒死亡的重要條件致病菌。「食品中微生物衛生標準」也對制定相關限量標準，可提供6個月以下嬰兒食用的食品須為陰性 (採樣計畫：n=10，c=0)
沙門氏菌經常位居細菌性食品中毒原因的首位，並廣泛存在於動物界。沙門氏菌的感染病症稱為沙門氏菌症，主要症狀為下痢、腹痛、寒顫、發燒、噁心、嘔吐。
李斯特菌屬對環境適應性強，廣泛存於自然界中，常發現於土壤、腐生植物和許多哺乳動物的糞便中，為人畜共通傳染病源之一。生食，或是加工後的蔬菜水果容易感染到李斯特菌。
如果食品中出現大腸桿菌，通常意味著食品直接或間接地被糞便污染。大腸桿菌檢測共有三種方法，分別是多重試管法、微孔濾膜過濾法以及混合稀釋法。有大腸桿菌檢測需求歡迎洽詢SGS。
食藥署因應「食品中微生物衛生標準」於110年7月1日起實施而訂定「食品中微生物衛生標準採樣計畫之採樣原則指引」，針對乳及乳製品類、嬰兒食品類食品業者可能遇到因特殊情況導致採足規定樣品數有困難時，提供可參考的配套作法。
節錄國際及國內2021年06月重點政策法規及新聞事件回顧。
新版「食品中微生物衛生標準」開始實施，取代原本10項衛生標準；嬰幼兒食品增訂縮水甘油脂肪酸酯限量標準；市售包裝食品「微甜」、「不甜」比照「微糖」、「無糖」規定。
節錄國際及國內2020年10月重點政策法規及新聞事件回顧。
衛福部於2020年10月6日發布訂定「食品中微生物衛生標準」，為利各界因應，將自民國110年7月1日起實施，整併「一般食品衛生標準」第5條有關微生物之規定。
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