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衛福部2021年7月開始實施的「食品中微生物衛生標準」中，除了採用腸桿菌科限量取代過往的衛生指標菌 (生菌數、大腸桿菌群)，也大幅採用指標性病原菌限量以管理食品風險，例如沙門氏菌、單核球增多性李斯特菌等，另就乳及乳製品類、嬰兒食品引入「採樣計畫」概念，使檢驗結果更具有代表性。
「冷凍食品」及「粉末清涼飲料」是近來台灣輸日食品中不合格案件數較多的產品類別，各占台灣出口全體違規案件中的32%和12%。日本厚生勞動省針對這兩類食品皆訂有食品規格標準，台灣業者輸出這兩類產品至日本前，可先檢驗衛生指標菌做好自主衛生管理，並選擇有信譽的貨運代理公司、船公司或航空公司負責運送，以確保到港後產品的衛生狀態，提高產品順利通關的機率。
如果食品中出現大腸桿菌，通常意味著食品直接或間接地被糞便污染。大腸桿菌檢測共有三種方法，分別是多重試管法、微孔濾膜過濾法以及混合稀釋法。有大腸桿菌檢測需求歡迎洽詢SGS。
醫療器材依據使用的時間及接觸的部位對無菌性有不一樣的要求，藉由滅菌確效的驗證與滅菌流程文件化紀錄的建立，能有效的維持醫療器材每批次生產的無菌保證水準。
食藥署因應「食品中微生物衛生標準」於110年7月1日起實施而訂定「食品中微生物衛生標準採樣計畫之採樣原則指引」，針對乳及乳製品類、嬰兒食品類食品業者可能遇到因特殊情況導致採足規定樣品數有困難時，提供可參考的配套作法。
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