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衛福部2021年7月開始實施的「食品中微生物衛生標準」中，除了採用腸桿菌科限量取代過往的衛生指標菌 (生菌數、大腸桿菌群)，也大幅採用指標性病原菌限量以管理食品風險，例如沙門氏菌、單核球增多性李斯特菌等，另就乳及乳製品類、嬰兒食品引入「採樣計畫」概念，使檢驗結果更具有代表性。
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衛生福利部107年9月27日公告「食品業者應保存產品原材料、半成品及成品來源文件之種類與期間」，要求食品業者應以書面或電子化方式，完整保存收貨之原材料、半成品及成品之來源憑證或經供應者簽章紀錄等文件至少五年，並自109年1月1日生效。
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